常德事件后，在吴炳新的带领下，三株集团悄然转型，吴炳新对集团的管理模式、运营机制和组织结构，都进行过大刀阔斧的调整。据悉，吴炳新每天坚持工作12个小时。从2001年开始，吴柄新多次“复兴”，但都无疾而终，这是什么原因？
 
    早期的三株时代是一个令中国营销人懵懂又热血沸腾的时代——三株集团从94年创业的1.25亿的销售额到1995年的23亿用了一年时间，从23亿到1996年的80亿同样只有一年，实际上企业注册资金只有30万，四年间增长了160000倍，并且资金负债率为零，缔造了现代企业营销史的奇迹。在一次会议上，吴炳新激情地表示：我们准备马上注册专利，将来与可口可乐比高低，去占领国际市场。我们把三株建成一个“日不落”的生物工程王国，在本世纪将人类寿命延长１０岁——若不是1998年的常德事件，吴炳新或许会梦想成真，三株或许会更辉煌。但常德事件让三株元气大伤，直接损失上百亿。
 
    常德事件后，三株在吴炳新的带领下走低调路线，吴炳新给下属交代的沟通原则是：“少谈过去，重点是现在和将来”；“统一说辞，用一个声音说话”；“务实、认真、负责任的态度”；“不虚夸，不张扬，不自卑，不媚俗”；“多做事，少说话，注意言谈举止都关乎企业形象”。吴炳新极其三株集团“过度的低调”使得很多人见到三株这两个字都禁不住问：“三株还存在吗？”事实上，三株一直都活着，而且从没有停止过复兴的计划和努力。
 
    在沉静中图谋复兴
 
    1998年，靠30万元起家的三株公司在创造了举世瞩目的“三株神话”后，陷入了长时间的“沉寂”。但是吴炳新并不甘心这样的沉寂，他正在密谋打一场“翻身仗”。吴炳新曾在三株公司一次全国工作会议上，作出深刻反思和刮骨疗毒的报告，报告中历数的三株集团几大病症，都是典型的“国企病”。为三株能尽早、重新地站起来，吴炳新决定改革。
 
    1、引进职业经理人——实施三权鼎立。
 
    三株集团在膨胀以后，家族式的管理成为发展的瓶颈，吴炳新采用高度集权管理，却无法驾驭日益庞大的大象。因此，吴炳新对“家族企业”的概念相当谨慎。他立了一条家训：三株今后的总裁都要从社会上吸引，自己的子孙只做董事长，不做行政老总。于是，在企业进入休整期之后，职业经理人张蔷走上了三株集团总裁的位子。
 
    从1999年开始，三株进行了漫长的企业重组，包括产业重组、组织结构的重组、分配机制与激励机制的重组、企业文化的创新，乃至对新领导集体的重新确认。其中，最重要的一项变革就是三株的经营体制发生了重大的变革。2000年，三株开始在局部实行了两权分离的实验。2001年，整个集团上下彻底实行了资产的经营权和所有权的分离——三株实行的是三权鼎立，从资产的角度来讲，还是家族企业，但是从经营权的角度来看，它使用了大量的职业经理人。职业经理上对董事会负责，下对员工负责，旁边有监事会监督。
 
    在三株集团的组织框架下，拥有三株医药集团、生态美集团、昊海集团、三株医疗产业集团这三大制药、化妆品和保健品生产企业和将来的直销公司，还有一家治疗癌症的特色医院。每个集团作为独立的法人，又有自己的财务部和销售部，并独立核算，各集团的总裁有基本的决策权利，而三株集团的董事会，只负责确定年度规划是否可以执行。
 
    2、渠道变革：将“子弟兵”变成小老板。

    常德事件之前，三株在全国所有大城市、省会城市、绝大多数地级市注册了600个子公司，在县、乡镇建立了2000多个办事处。三株的销售体系是总部垂直管理，其流程是总部-子公司-办事处，做销售的都是三株雇用的员工，这样的管理却因为战线太长而等于没有管理，三株还要定期给他们开工资。据吴炳新曾回忆，1997年年底，各个办事处也成了小机关，办事处主任养得白白胖胖，没人干工作，整个三株公司的销售工作是由业务主办和临时工来干，执行经理以上的人员基本上不搞直接销售。